NPR má zvláštny význam pre zachovanie genetickej a ekologickej diverzity územia vzhľadom na kvalitu jej fauny (avifauny) a pravidelne sa v nej vyskytujú značné počty jedincov rôznych druhov vodných vtákov indikujúcich význam mokrade. Je to jedna z najvýznamnejších hniezdnych lokalít a migračných zastávok vzácnych, ohrozených (vrátane globálne ohrozených) a zraniteľných vodných vtákov na Slovensku. Územie je chránené ako národná prírodná rezervácia a jej ochranné pásmo. 

Popri desiatkach párov kačice divej hniezdia v NPR Senné-rybníky početné populácie potápky chochlatej a chochlačky vrkočatej. Vtáčie ostrovy obýva kolónia kormorána veľkého a čajky bielohlavej, podmáčavé vŕbové porasty skrývajú hniezdnu kolóniu chavkoša nočného, volavky popolavej, beluše malej a porasty vodnej vegetácie sú domovom čoríkov bahenných a chriašteľov vodných.

Stromy a väčšie kroviny na hrádzach využíva na hniezdenie kúdelníčka lužná a takmer pri každej návšteve lokality je možné vidieť ako modrý blesk preletieť rybárika obyčajného.
Počas jarného a jesenného ťahu sa rezervácia stáva odpočinkovou zastávkou pre stovky potápok, volaviek, kačíc, husí a čajok, ktoré z vodnej hladiny z času na čas zdvihne len silueta orliaka morského. Rybníky s otvorenou vodnou hladinou bez vegetácie sú po celý rok miestom odpočinku a zberu potravy pre desiatky potápok, kormoránov, kačíc, čajok a čoríkov. 

Vodnou vegetáciou porastené rybníky obľubuje na hniezdenie zriedkavá potápka červenooká, labuť veľká, lyska čierna či neúnavní letci čoríky bahenné a čierne. Rybníky čiastočne alebo úplne zarastené trstinami sú okrem množstva spevavcov (trsteniariky, svrčiaky, strnádky trstinové, fúzatky) hniezdiskom bučiaka veľkého, bučiačika obyčajného, kolónií beluše veľkej volavky purpurovej a lyžiara obyčajného, globálne ohrozenej chochlačky bielookej, početnej kane močiarnej a skryto žijúceho chriašťa malého.

Počas tzv. letnenia rybníkov a po ich výlove sa rybníky bez vody stávajú hniezdiskom šabliarky modronohej, cíbika chochlatého a kulíka riečneho. Predovšetkým sú však oddychovým miestom pre desiatkty beluší a bocianov či stovky tiahnúcich kačíc, čajok a bahniakov, ktoré z času na čas pritiahnu pozornosť sokola sťahovavého, prilitajucého na rybníky za potravou až z karpatských hôr.

V rámci zaradenia do zoznamu ramsarských lokalít NPR Senné rybníky splnila kritéria pre jej začlenenie medzi unikátne mokrade tým, že sa v nej nachádza populácia vzácnych, ohrozených a kriticky ohrozených druhov (5 druhov celosvetovo a 53 druhov celoeurópsky ohrozených). NPR má zvláštny význam pre zachovanie genetickej a ekologickej diverzity územia vzhľadom na kvalitu jej fauny (avifauny). 

Kritériá a dôvody zaradenia medzi ramsarské lokality:

1. Typ mokrade je Ts, W, 1, 2, 3, 4, 6 s prevažujúcimy typmy: 2, 1, W, 4, Ts, 6, 3
2. V území žije veľké množstvo vzácnych, zraniteľných alebo ohrozených druhov rastlín (32 ohrozených druhov) a živočíchov, predovšetkým vodných vtákov (144 druhov).
3. Lokalita má mimoriadny význam pre udržiavanie biologickej rozmanitosti severnej časti panónskej oblasti.
4. V lokalite sa pravidelne vyskytujú významné počty hniezdiacich vodných vtákov, migrujúcich a zimujúcich vtákov.